January 2012
17 posts
3 tags
2 tags
2 tags
Kitten
I wish I was a kitten.
A kitten filled with energy, fueled with endless curiosity.
Freely, carelessly, and fearlessly exploring the world.
Chasing and pouncing anything that moves.
Playfully jumps everywhere.
No worries, no heavy thoughts.
Yeah, I wish I was a kitten.
3 tags
December 2011
14 posts
2 tags
Introduction of type AB
simplebloods:
1 tag
2 tags
The awkward moment when you don't know why you're...
wowfunniestposts:
that awkward moment when the person who's the...
noeeeee:
8 tags
4 tags
Gene via Skype
Adhityo Wicaksono W.: my turn…
Adhityo Wicaksono W.: konsep dasar operon: operon itu molekul protein spesifik yang bisa nempel di titik awal sebelum titik mulai transkripsi
Adhityo Wicaksono W.: kita bagi DNA bakteri jadi 4: titik operon, titik mulai (kodon AUG), titik transkripsi, ama titik stop
Adhityo Wicaksono W.: nah, di sini dijelasin ada 2 jenis operon yg kayak lo sebut tadi
Adhityo Wicaksono W.: untuk lac operon: si protein operon itu tanpa laktosa bakal nempel di titik operon, ngebuat RNA transkriptase ga bisa mulai untuk transkripsi karena jalannya terblokir
Adhityo Wicaksono W.: intinya 4 jalur itu harus dilewatin… itu logikanya
Adhityo Wicaksono W.: nah, dengan adanya laktosa, si lac operon bakal ngikat molekul laktosa dan dia ngelepas diri dari titik operon, jadi deh si RNA transkriptase bisa mulai transkripsi
Adhityo Wicaksono W.: kalo trp operon: dalam kondisi tanpa triptofan, operon itu molekul protein yg bebas… transkripsi bisa berjalan
Adhityo Wicaksono W.: tapi, begitu ada triptofan, si operon ini bakal berikatan ama triptofan & nempel ama titik operon di DNA… transkripsi ga bisa berjalan
Adhityo Wicaksono W.: gitu deeh
Dita Desvianti: titik operon itu didepan titik mulai?
Adhityo Wicaksono W.: eh bntar…
Dita Desvianti: RNA transkriptase itu untuk transkripsi DNA?
Adhityo Wicaksono W.: klo lokasi titik operon itu gw lupa sebelom atau sesudah titik mulai
Dita Desvianti: itu bukannya RNA polimerase?
Adhityo Wicaksono W.: AH IYA!!
Adhityo Wicaksono W.: GW LUPA
Adhityo Wicaksono W.: iya… RNA polimerase
Adhityo Wicaksono W.: *jauh abis*
Adhityo Wicaksono W.: maaf2
Dita Desvianti: tolong jelaskan perbedaan antara perbanyakan dengan cara hibridisasi dan dengan cara PCR
Adhityo Wicaksono W.: hibridisasi itu adalah metode untuk ngeliat persamaan antara 2 DNA yang beda, jadi 2 DNA itu udah dikasih semacem marker buat sampelnya, dipanasin sampe jadi single stranded, dicampur deh… trus diliat DNA yang diuji nempel ga ke DNA sampel? kalo nempel, kan artinya lo bisa liat si DNA uji itu punya sekian persen persamaan ama yg sampel
Adhityo Wicaksono W.: sementara kalo PCR (Polymerase Chain Reaction), itu adalah metode amplifikasi (perbanyakan) DNA spesifik dengan cara penambahan bahan2 kayak dNTP (dinukleotida trifosfat), enzim taq-DNA polymerase (diambil dari Thermus aquaticus, bakteri yg enzim DNA polymerase nya kuat di suhu tinggi), dan primer dari DNA yang kita mau perbanyak ke DNA yang utuh di dalam mesin PCR. Mesin ini bisa naik turunin suhu dengan timing spesifik. Ada 3 tahap PCR: denaturasi… suhu internal alat dinaikin sampe 90˚ C, ngebuat DNA jadi single stranded, terus tahap primer annealing… dimana primer nempel ke bagian spesifik DNA yg kita mau, terus elongasi… DNA polymerase mulai deh memperbanyak DNA nya… proses ini berulang berkali2, potongan DNA yg kita mau keluar di siklus ke-3
Adhityo Wicaksono W.: ah lupa suhunya… denaturasi 90˚ C, annealing 70˚ C, elongasi (gw lupa)
Adhityo Wicaksono W.: setiap 1 siklus beres balik ke awal (denaturasi) lagi…
Dita Desvianti: eh bukannya suhunya 90-50-70 ya?
Adhityo Wicaksono W.: ah, itu
Dita Desvianti: kalo ini tau ga? How to identify transformed bacterial cells containing plasmids with DNA inserts.
Dita Desvianti: gue baca dan liat gambar dan tetep ga ngerti
Adhityo Wicaksono W.: tau dong
Adhityo Wicaksono W.: gw kan pernah nglakuin transformasi
Dita Desvianti: disini itu ada dari A-E
Dita Desvianti: itu maksudnya ada 5 cara atau 5 tahap sih?
Dita Desvianti: kayak 5 cara, tapi kok kayak nyambung juga .__.
Adhityo Wicaksono W.: gimana ditulisnya?
Dita Desvianti: The gene for antibiotic resistance
confers on the host cell the ability to survive in a
medium containing a specifi c antibiotic; the resistance
gene thereby enables experimenters to select for propagation
only those bacterial cells that contain a plasmid
( Fig. 9.7 ).
Dita Desvianti: terus di fig. 9.7 ada A-$
Dita Desvianti: E
Adhityo Wicaksono W.: penjelasan tiap figur?
Dita Desvianti: Figure 9.7 How to identify transformed bacterial cells containing plasmids with DNA inserts. (a) Plasmid vectors are
often constructed so that they contain the E. coli lacZ gene with a restriction site right in the middle of the gene. If the vector reanneals to itself
without inclusion of an insert, the lacZ gene will remain uninterrupted; if it accepts an insert, the gene will be interrupted. (b) Transformation:
When added to a culture of bacteria, plasmids enter about 1 in 1000 cells. (c) Only cells transformed by a plasmid carrying a gene for ampicillin
resistance will form colonies on petri plates. (d) Cells containing vectors that have reannealed to themselves without the inclusion of an insert will
express the uninterrupted lacZ gene. The polypeptide product of the gene is b-galactosidase. Reaction of this enzyme with a substrate known as
X-Gal produces a molecule that turns the cell blue. Any cells containing recombinant plasmids will not generate active b-galactosidase and will
therefore not turn blue.
Adhityo Wicaksono W.: oooh
Dita Desvianti: apakah ini 5 cara atau 5 tahap
Adhityo Wicaksono W.: yg gw liat ntah gimana 5 cara
Dita Desvianti: gw jg ngerasa 5 cara
Dita Desvianti: tapi kok nyambung
Adhityo Wicaksono W.: 1. vektor plasmid terbangun & ada gen lacZ kalo di E. coli dgn ada situs restriksi di tengah gen, kalo vektor nya re-anneal sendiri tanpa ada DNA yg dimasukin, gen lacZ itu ga bakal keganggu, kalo ada tambahan DNA, dia bakal keganggu
Adhityo Wicaksono W.: ah iya… naymbung ding
Adhityo Wicaksono W.: 2. bagian transformasinya: pas DNA plasmid dimasukin ke kultur, chance masuknya itu 1:1000 bakteri
Adhityo Wicaksono W.: 3. di DNA yg dimasukin, selalu kita kasih marker… buat penanda, di sini gen resistensi ampicilin
Adhityo Wicaksono W.: nah, untuk kita tau si sel2 mana yg udah tersisip ama plasmid, kita kultur ulang bakteri2 ini ke medium padat yg ada ampicilin… bakteri yg ga tersisipi kan ga ada resistensi, dia bakal mati… sementara yg tersisipi udah dikasih marker, jadi dia bakal tetep hidup
Dita Desvianti: jadi ternyata ini 5 tahap bung!!!
Dita Desvianti: ya kan yaa?
Adhityo Wicaksono W.: 4. trus uji ekspresi (CMIIW), si bakteri ini bakal bereaksi pada substrat X-gal… ngebuat substratnya jadi biru
Adhityo Wicaksono W.: karena ada reaksi enzimatik
Dita Desvianti: eh dit, kenapa (c) Only cells transformed by a plasmid carrying a gene for ampicillin
resistance will form colonies on petri plates. ?
Adhityo Wicaksono W.: dari DNA yg dimasukin
Adhityo Wicaksono W.: "gene for ampicilin resistence" ini namanya marker, Po
Adhityo Wicaksono W.: gini deh… kita ubah cerita ini jadi lebih asoy
Adhityo Wicaksono W.: gw mau buat clone trooper
Adhityo Wicaksono W.: gw klon dia dari sumber yg bagus, tapi… biar dia tambah bagus, gw kasih dia perlakuan lagi kan?
Dita Desvianti: gue mencium bau2 starcraft
Adhityo Wicaksono W.: ini Star Wars
Adhityo Wicaksono W.: nah, gw inject semuanya pake serum percobaan gw yg ada tulisannya "serum anti-radiasi, kontraindikasi: ga semuanya bakal nerima"
Adhityo Wicaksono W.: nah, gw mau tau kan… mana yg sukses nerima serum ini?
Adhityo Wicaksono W.: alhasil… gw kasih radiasi…
Adhityo Wicaksono W.: yang nerima, dia bakal idup… yg ga nerima, dia bakal mati
Adhityo Wicaksono W.: di sini, si serum ini artinya punya marker: ketahanan thd radiasi
Adhityo Wicaksono W.: mulai ngerti?
Adhityo Wicaksono W.: *serum ini sebagai marker
Adhityo Wicaksono W.: *markernya itu ketahanan thd radiasi
Adhityo Wicaksono W.: in case E. coli tadi, di gen yg disisipin itu ada ketahanan thd ampicilin
Adhityo Wicaksono W.: nah, kita kan mau tau… dari chance 1:1000 itu… mana yg sukses disisipin gen itu (inget, gen utamanya bukan ketahanan itu… ini cuma marker, gen utamanya ngebuat si sel bereaksi ama X-Gal & ngebuat substratnya jadi biru tadi)…
Adhityo Wicaksono W.: nah, ya kita kasi ampicilin deh
Adhityo Wicaksono W.: so far… do u understand?
Dita Desvianti: YEEEEEES
Dita Desvianti: eh A, P, E site pada ribosomal subunit fungsinya apa sih?
Dita Desvianti: ribosomal subunit itu apanya ribosom?
Adhityo Wicaksono W.: lo liat ribosom bentuknya kayak Krabby Patty kan? ada 2 gitu? :P
Dita Desvianti: kayak jellyfish
Adhityo Wicaksono W.: nah tiap komponen itu namanya subunit
apa fungsi mereka?
Dita Desvianti: coba dijelaskan bung Adit
Adhityo Wicaksono W.: di sana ga ada penjelasan sama sekali kah?
Dita Desvianti: ada a bunch of pictures of transcription
Adhityo Wicaksono W.: A ribosome also has 3 binding sites called A, P, and E.
The A site in the ribosome binds to an aminoacyl-tRNA (a tRNA bound to an amino acid).
The amino (NH2) group of the aminoacyl-tRNA, which contains the new amino acid, attacks the ester linkage of peptidyl-tRNA (contained within the P site), which contains the last amino acid of the growing chain, forming a new peptide bond. This reaction is catalyzed by peptidyl transferase.
The tRNA that was holding on the last amino acid is moved to the E site, and what used to be the aminoacyl-tRNA is the peptidyl-tRNA.
A single mRNA can be translated simultaneously by multiple ribosomes.
Adhityo Wicaksono W.: inget ga?
Adhityo Wicaksono W.: di ribosom ada 3 slot
Dita Desvianti: iya gue inget ketiga slot itu bakal dilewatin RNA pas transkripsi berlangsung
Dita Desvianti: nah di A terjadi apa, di P terjadi apa, di E si tRNA keluar
Dita Desvianti: gitu kan? ya?
Dita Desvianti: tapi apa gitu yg sebenarnya terjadi
Adhityo Wicaksono W.: yap… bayangin… ada gw, lo, ama Rino lagi estafet ngebuat makanan
Adhityo Wicaksono W.: perintah bos: Anda bertiga diminta membuat pizza. Saudari Cipo anda bertugas membaca resep dan menekan tombol agar lengan robot meletakkan adonan ke loyang, saudara Adit… anda bertugas menekan tombol kedua untuk memerintahkan lengan robot kedua menambahkan saus dan menyusun topping pizza, terakhir… saudara Rino, anda diminta menekan tombol ketiga untuk membuat taburan keju jatuh dan pizza dipindahkan ke oven untuk penyelesaian
Adhityo Wicaksono W.: lo itu jadi A, gw P, Rino itu E
Adhityo Wicaksono W.: analognya, A itu tempat tRNA nempel dan ngebawa asam amino pertama, P itu tempat tRNA ngebawa asam amino dari site A ke site P ini untuk diperpanjang jadi polipeptida
Adhityo Wicaksono W.: site E itu tempat ntar polipeptida itu kalo udah panjang bakal putus dan polipeptida ini dilepas dan dibawa ke Badan Golgi nantinya buat rekonformasi protein jadi protein aktif
Adhityo Wicaksono W.: tRNA itu kan pindah2 dari A ke P ke E
Dita Desvianti: jadi pas tRNA nempel dia udah bawa asam amino?
Dita Desvianti: apa gue yg ngasih asam amino ke dia?
Adhityo Wicaksono W.: tRNA yg nempel ke mRNA di site A itu ngebawa 1 asam amino, asam amino tadi ditamabah2 lagi pas tRNA lain dateng… penambahan & perpanjangan ini terjadi di site P, ntar putus di site E
Adhityo Wicaksono W.: analogi gw sih gitu… CMIIW
Dita Desvianti: OOOH ini pada translasi yah?
Adhityo Wicaksono W.: yep
di akhir translasi… ribosom bakal nempelin diri ke ER dengan bantuan protein
2 tags
Marry me out of love, not loneliness.
Be with me out of passion, not boredom.
November 2011
25 posts
4 tags
2 tags
1 tag
8 tags
2 tags
3 tags
You know why GUYS are always the ones who look...
noeeeee:
Because they’re not as expressive as girls. Girls complain all the time. They love letting the whole world know that they’ve been treated badly. While guys, almost always, just keep everything to themselves. That doesn’t mean, however, that they didn’t get hurt just as much.
